Der Verein für Ostbairische Heimatforschung wurde 1926 in Passau gegründet. Maßgeblich zu seiner Gründung beigetragen haben die drei Heimatforscher Dr. Carl Sittler, Prof. Dr. Max Heuwieser sowie Dr. Rudolf Guby.
In Folge der großen Heimatbegeisterung der 1920er Jahre wird in Passau der Gedanke laut, an der hiesigen Philosophisch-Theologischen Hochschule ein Institut einzurichten, welches fundierte, wissenschaftliche Heimatforschung betreiben und damit die heimatkundliche Arbeit im Allgemeinen stärken solle. Als Erster äußert der Kunsthistoriker Dr. Rudolf Guby diese Idee, der gleichzeitig auch einen „registergerichtlich einzuschreibenden Verein als Träger und Förderer“ dieses Instituts ins Leben rufen will. Im Theologen Professor Dr. Max Heuwieser sowie im Passauer Bürgermeister Dr. Carl Sittler findet Guby zwei tatkräftige und einflussreiche Gleichgesinnte. Gemeinsam mit fünf weiteren Honoratioren der Stadt gründen Guby, Heuwieser und Sittler am 11. August 1926 den „Verein für Ostbairische Heimatforschung“.
In der Folge kann sehr rasch eine solide finanzielle Basis von insgesamt 7200 Reichsmark geschaffen werden. Dadurch ist es nun möglich geworden, auch das ursprünglich angestrebte Institut zu gründen, als dessen Leiter Professor Heuwieser eingesetzt wird.
Im Laufe des Zweiten Weltkrieges sieht sich der Verein dazu gezwungen, seine Tätigkeit nach und nach einzustellen. Nach der Kapitulation 1945 wird er auf Anordnung der US-amerikanischen Militärregierung sogar vorübergehend suspendiert; einer Auflösung entgeht er nur knapp. Es dauert dennoch vier Jahre, bis sich der Verein am 8. Februar 1949 neu konstituieren kann.
Im Jahr 1951 wird – auf maßgeblichen Antrieb des Institutsvorstands Professor Dr. Josef Oswald hin – der Grundstein für die „Neuen Veröffentlichungen des Instituts für Ostbairische Heimatforschung“ gelegt. 1957 folgt das Jahrbuch „Ostbairische Grenzmarken“. Ebenfalls auf Betreiben Oswals hin wird 1960 das bisher private Institut verstaatlicht und damit Teil der Philosophisch-Theologischen Hochschule Passau. Seither sind Verein und Institut de jure zwei unabhängige Einrichtungen, de dacto sind sie aber bis heute durch ihre gemeinsame Geschichte und ihr gemeinsames Anliegen eng miteinander verknüpft. Im Jahr 1978 wird das Institut an die neu errichtete Universität Passau angegliedert.
2003 stiftet der Verein einen Nachwuchsförderpreis, mit dem seither alljährlich wissenschaftliche Arbeiten mit regionalgeschichtlichem Schwerpunkt ausgezeichnet werden. 2005 erscheinen die „Ostbairische Grenzmarken“ erstmals unter dem Namen „Passauer Jahrbuch“.
Im Juni 2008 wird das Institut für Ostbairische Heimatforschung in das „Institut für Kulturraumforschung Ostbaierns und der Nachbarregionen“ umgewandelt. Die Namensänderung ändert jedoch nichts an der Verbundenheit von Institut und Verein.